Zgodnie z prawem Archiwum UJ sprawuje nadzór nad prawidłowym kształtowaniem zasobu aktowego i brakowaniem akt wszystkich jednostek organizacyjnych Uniwersytetu Jagiellońskiego (zob. Instrukcja kancelaryjna UJ, rozdz. 10 § 51 ust. 5):
1. Brakowanie dokumentacji niearchiwalnej jest to wydzielenie i przekazanie do zniszczenia tej części dokumentacji niearchiwalnej, której okres przechowywania upłynął oraz po uznaniu przez organ lub jednostkę organizacyjną, że dokumentacja niearchiwalna utraciła dla nich znaczenie, w tym wartość dowodową.
2. Procedurę brakowania akt reguluje rozdz. 9 Instrukcji archiwalnej UJ.
3. Jednostki organizacyjne UJ nie mogą samowolnie brakować akt. Samowolne niszczenie dokumentacji podlega karze pozbawienia wolności do lat 3 (zob. Ustawa o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach, rozdz. 5, art. 52). Praktyki takie naruszają też historyczną wartość zasobu oraz prawa osobiste i majątkowe Uniwersytetu, jego pracowników i absolwentów.
4. Brakowanie odbywa się na podstawie spisu dokumentacji niearchiwalnej podlegającej brakowaniu.
5. Archiwum UJ wysyła wniosek o wydanie zgody na brakowanie wraz ze spisem do Archiwum Narodowego w Krakowie. Archiwum Narodowe w Krakowie musi udzielić zgody na brakowanie.