Oddział Akt Dawnych
Obejmuje dokumentację od fundacji Uniwersytetu Krakowskiego (1364 i 1400) przez jego przekształcenie w Szkołę Główną Koronną w wyniku reformy Kołłątajowskiej, aż do końca istnienia I Rzeczypospolitej (1795).
Zbiór dokumentów pergaminowych, z których najstarszy pochodzi z 1274 roku, obejmuje ponad 800 dyplomów.
Zbiór rękopisów obejmuje podstawowe księgi czynności różnych jednostek i urzędów uniwersyteckich oraz instytucji związanych z uczelnią.
Zbiór akt z okresu Komisji Edukacji Narodowej dokumentuje reformę Uniwersytetu, którą przeprowadził Hugo Kołłątaj oraz zmiany w szkolnictwie podległym uczelni. Ta część zasobu została wpisana na światową listę UNESCO Pamięć Świata.
Osobny zbiór tworzą akta papierowe, w którym znajdują się materiały źródłowe do uposażenia Uniwersytetu. Majątek uczelni tworzyły przede wszystkim wsie, folwarki, nieruchomości miejskie, dziesięciny i beneficja kościelne. W aktach papierowych można znaleźć odpisy z akt sądowych grodzkich, ziemskich, inwentarze, pokwitowania, korespondencję lub mapki.
